Dezvoltarea durabilă a Republicii Moldova presupune și o dezvoltare armonioasă a tuturor regiunilor. Pentru atingerea acestui obiectiv a fost creat cadrul instituțional pentru dezvoltare regională și ca principala sursă de finanțare FNDR. Cu toate acestea, circa jumătate din proiectele implementate cu finanțarea din FNDR au fost mai curând de anvergură locală, nu și regională. Astfel, destinația acestui Fond nu a fost respectată în totalitate.